Fra le attività più importanti dell'ecomuseo c'è la collaborazione con il mondo dell'Università e l'interesse accademico per l'isola del Lazzaretto Nuovo è documentato anche dall'Archivio Giovanni Battista Stefinlongo. Da decenni sono tante e diverse le iniziative svolte con atenei locali, nazionali e internazionali: l'isola e il progetto ecomuseale sono oggetto di ricerca e sperimentazione, nella teoria e sul campo, quale piattaforma multidisciplinare per progetti di ricerca, luogo ideale per l'outdoor education e buona pratica esemplare.
Nell'ultimo triennio, l'isola è stata caso di studio e pratica per il corso di Sociologia Urbana e Legislazione dei Beni Culturali della Laurea Magistrale in Architettura per il Restauro e la valorizzazione del Patrimonio del Politecnico di Torino (2020), per il workshop Taking Action. Low-tech as innovation del Laboratorio Sperimentale del Saper Fare dello IUAV di Venezia (2021) e, come kit didattico digitale, per il seminario Ecologie storiche in una prospettiva didattica del Dipartimento di Scienze Umane per la Formazione dell'Università degli Studi di Milano-Bicocca (2022). Nella primavera 2022, una particolare attenzione è stata rivolta allo sviluppo degli allestimenti museali da parte del Laboratorio di Design degli interni della Scuola del Design del Politecnico di Milano, del Master students of Interior Architecture of Technical University of Applied Sciences Rosenheim, del Laboratorio di Exhibit Design del corso di Design del prodotto, della comunicazione e degli interni e del Laboratorio di design del prodotto e della comunicazione del corso di Design del prodotto e della comunicazione visiva dello IUAV di Venezia.
Nel 2022 l'ecomuseo è stato inoltre visitato come buona pratica dal Virginia Tech - Center for leadership in global sustainability, dai progetti europei Interreg Value (Environmental and cultural heritage development) di Regione Veneto, MARLESS (Marine Litter cross-border awareness and innovation actions) di ARPA Veneto e Alter Eco Plus (Alternative tourism strategies to enhance the local sustainable developement of tourism by promoting mediterranean identity) di Università Ca' Foscari.
Unendo il passato più o meno prossimo del patrimonio storico-ambientale e del processo di recupero del bene, al presente e al futuro della progettazione e della messa in opera, secondo la millenaria anima innovativa che contraddistingue l'evoluzione dell'isola.
La giornata in isola di studenti e professori dell'Università di Rosenheim